Отвечу сам себе.
Установил на HN rpm,yum и зависимости. С HN под CentOS скопировал каталоги с содержимым на HN под Debian:
/vz/template/centos/5/i386/config -> /var/lib/vz/template/centos/5/i386/
/vz/template/centos/5/i386/yum-cache -> /var/lib/vz/template/centos/5/i386/
/vz/template/centos/5/i386/vz-addon -> /var/lib/vz/template/centos/5/i386/
1. Запуск rpm (на HN)rpm --root /var/lib/vz/root/VEID command
2. Запуск yum (на HN)yum -c /var/lib/vz/template/centos/5/i386/config/yum.conf --installroot /var/lib/vz/root/VEID command
Таким образом обновил самбу и мускуль